Marnie Piper intègre la prestigieuse université d'Halloweentown, Witch University, dans le but avoué de devenir une merveilleuse sorcière. Contrainte par sa mère d'emmener avec elle son jeune frère, le surdoué Dylan, elle déchante vite devant les conditions de vie sur le campus. L'ambiance n'est, en effet, pas celle dont elle avait rêvée : les règles de vie y sont strictes et aucune magie n'est, en plus, acceptée. Pire, d'étranges phénomènes se produisent ça et là et n'augurent rien de bon pour la suite des évènements...

Une nouvelle année d'études se prépare pour la sorcière Marnie. Afin de rapprocher le monde de la magie de celui des mortels, la jeune fille propose au Conseil des Sorciers d'inviter un groupe de créatures magiques dans son lycée. Face à la réticence de ce dernier, Marnie met en jeu les pouvoirs de sa famille sur la réussite de son projet sans savoir que la tâche serait aussi relevée.

Halloweentown est une fois de plus en proie à de terribles maléfices. Le fils de Kalabar entend en effet se venger sur la ville de la défaite de son père. Mais c'est sans compter sur la pugnacité de la famille Cromwell à sauver le monde des monstres et, par la même occasion celui des humains.