Vingt ans après les événements de Iron Sky, l'ancienne base lunaire nazie est devenue le dernier refuge de l'humanité. La Terre a été ravagée par une guerre nucléaire. Cependant, enterrée profondément sous le désert, existe une puissance qui pourrait sauver ce qui reste de l'humanité... ou la détruire une fois pour toutes.

À la fin de la seconde guerre mondiale, un petit groupe nazi s'échappe et part se cacher sur la face cachée de la Lune. Pendant 70 ans, ils construisent une énorme forteresse spatiale avec plein de soucoupes volantes. Mais l'alunissage d'astronautes américains près de la base nazi décide leur Führer à retourner sur Terre pour démarrer le IVème Reich...