César et les Singes sont contraints de mener un combat dont ils ne veulent pas contre une armée d'Humains dirigée par un Colonel impitoyable. Les Singes connaissent des pertes considérables et César, dans sa quête de vengeance, va devoir lutter contre ses instincts les plus noirs. Au terme d’un périple qui le conduira à un face à face avec le Colonel, les Singes et les Humains vont se livrer une guerre sans merci à l’issue de laquelle une seule des deux espèces survivra - et dominera la planète.

Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu 10 ans plus tôt. Ils parviennent à une trêve fragile, mais de courte durée : les deux camps sont sur le point de se livrer une guerre qui décidera de l’espèce dominante sur Terre.

Dans un laboratoire, des scientifiques expérimentent un traitement sur des singes pour vaincre la maladie d’Alzheimer. Mais leurs essais ont des effets secondaires inattendus : ils découvrent que la substance utilisée permet d’augmenter radicalement l’activité cérébrale de leurs sujets. César, est alors le premier jeune chimpanzé faisant preuve d’une intelligence remarquable. Mais trahi par les humains qui l’entourent et en qui il avait confiance, il va mener le soulèvement de toute son espèce contre l’Homme dans un combat spectaculaire.