Alors que Mr. Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'Enterprise escortent le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence où il doit signer un accord de paix avec l'empire des Klingons, leur vaisseau est attaqué et le chancelier abattu. Chang, général des Klingons, accuse Kirk qu'il envoie en compagnie du docteur McCoy sur l'astre de glace Rura Penthe. Mr. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et rétablir la paix menacée.

En 2287, le Capitaine Kirk et son équipage prennent sur Terre des vacances bien méritées... Mais lorsqu'ils apprennent que le Vulcain Sybok, demi-frère de Spock, vient de prendre en otage des diplomates venus cohabiter sur la planète Nimbus III, nos héros remontent à bord de l'Enterprise...

À l'issue de la mission sur Genesis, l'équipe de l'Enterprise fait route vers la Terre à bord d'un vaisseau Klingon, mais au même moment, une sonde d'origine inconnue se dirige vers la Terre.

Le Capitaine Kirk et son équipage volent l'Enterprise pour tenter de récupérer le corps de M. Spock, qui s'est sacrifié lors du combat contre Khan.

L'amiral Kirk et son "Enterprise" servent désormais de vaisseau d'entraînement pour les élèves pilotes. Envoyé avec M. Spok en mission de routine, il croise la route de son vieil ennemi Khan.

Une entité d'origine extraterrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le Capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux Amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans...