Depuis sa mise à l’abandon, la Porte des Etoiles, une passerelle entre la Terre et les autres planètes, est étroitement surveillée par l’Armée de l’Air. Soudainement, elle s’active et une horde d’extraterrestres, les Goa’ulds, débarque et extermine le détachement de soldats en place. La seule survivante, un sergent, est emmenée de force sur leur planète d’origine : Abydos. Dépassé par les évènements, le Général Hammond rappelle d’urgence le Colonel Jack O’Neill pour qu’il reprenne du service. Le programme Stargate est alors relancé et la première équipe d’expédition, le commando SG-1, est paré pour sa mission de sauvetage… Le pilote de « Stargate SG-1 » est remonté en long-métrage, avec des scènes inédites et une nouvelle bande son.

Les membres du SG-1 se retrouvent dans un monde où leurs histoires ont été complètement modifiées...

Pour faire face à l'armée des Oris qui s'apprête à envahir la Terre, l'équipe SG-1 part à la recherche de l'arme ultime : l'Arche de Vérité qui se trouverait au fin fond de la galaxie des Oris.

Contacté par l'armée américaine, le jeune égyptologue de génie, Daniel Jackson, résout en 1994 l'énigme du gigantesque anneau de pierre et d'acier découvert en 1928 sur le site de la grande pyramide de Gizeh. Cette mission va le projeter à des années-lumière de la Terre chez des extra-terrestres qui ont construit les Pyramides. Un nouveau monde s'ouvre alors ...