A l'âge du bilan, Michael Corléone tente de se réhabiliter auprès des siens et de la société. Mais les autres Familles de la Mafia lui déclarent à  nouveau la guerre. Vincent Mancini, son neveu, se range à ses côtés pour régler les comptes.

Depuis la mort de Don Vito Corleone, son fils Michael règne sur la famille. Amené à  négocier avec la mafia juive, il perd alors le soutien d'un de ses lieutenants, Frankie Pentageli. Échappant de justesse à un attentat, Michael tente de retrouver le coupable.

En 1945, à New York, les Corleone sont une des cinq familles de la mafia. Don Vito Corleone, "parrain" de cette famille, marie sa fille à un bookmaker. Sollozzo, " parrain " de la famille Tattaglia, propose à Don Vito une association dans le trafic de drogue, mais celui-ci refuse. Sonny, un de ses fils, y est quant à lui favorable. Afin de traiter avec Sonny, Sollozzo tente de faire tuer Don Vito, mais celui-ci en réchappe. Michael, le frère cadet de Sonny, recherche alors les commanditaires de l'attentat et tue Sollozzo et le chef de la police, en représailles. Michael part alors en Sicile, où il épouse Apollonia, mais celle-ci est assassinée à sa place. De retour à New York, Michael épouse Kay Adams et se prépare à devenir le successeur de son père...