Plusieurs années ont passé depuis leurs débuts dans cet établissement. Tatsuya et sa petite sœur Miyuki entament leur dernière année à l’école de magie. Le frère et la sœur se rendent en compagnie de leurs amis dans une villa privée sur l’île d’Ogasawara. Ils font soudain la rencontre d’une étrange jeune fille appelée Kokoa. Alors qu’ils apprennent que cette dernière s’est en fait échappée d’une base navale, elle fait part de son dernier souhait à Tatsuya...

Dans une école bâtie sur une île perdue au beau milieu de l'océan... De jeunes gens doués de super-pouvoirs, les Prodiges, suivent un entraînement intensif qui doit les aider à affronter une terrible menace appelée "les ennemis de l'humanité". Une nouvelle élève débarque parmi eux, Nana, et se prétend capable de lire dans les pensées des gens. Un jour, elle reçoit un SMS : pour épargner des millions de vies, elle doit assassiner un de ses camarades... Derrière cette jeune fille a priori inoffensive se cacherait-il une redoutable meurtrière de super-héros ?

Une catastrophe sans précédent s’abattit sur la Terre au 20e siècle.Le monde entier fut détruit par un impact de météorites. Toutefois, le mana, un élément inconnu découvert dans ces météorites, permit une avancée considérable des compétences de l’Homme et donna naissance à une nouvelle humanité dotée de pouvoirs particuliers : « Genestella». L’histoire se déroule à Rikka, la ville académique sur l’eau, appelée généralement Asterisk et composée de six académies de magie. La ville est considérée comme le lieu du plus grand tournoi d’académies du monde. L’élève boursier Ayato Amagiri arrive à l’académie Seidôkan, et pour réaliser son souhait jure de se battre dans cette ville. Le plus grand des spectacles de combats d’académies commence ici !