L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

2012 : Un virus terrifiant nommé Medousa ravage l'humanité. Taux de survie une fois infecté : 0%. Le gouvernement mondial décide de cryogéniser une centaine d'individus dans l'espoir qu'un remède soit découvert dans le futur. À leur réveil, seules sept personnes ont survécu et le complexe scientifique s'est transformé en prison macabre envahie par des ronces acérées et peuplée de créatures sanguinaires. Au fur et à mesure que la peur grandit, les conflits personnels et les luttes de pouvoir s'amplifient. Les rescapés vont pourtant devoir s'associer pour échapper aux monstres et au virus Medousa. Commence alors une fuite effrénée pour la survie. Mais combien d'entre eux mourront avant d'atteindre le monde extérieur et qu'y trouveront-ils?

Yûta rentre au lycée et il n’a qu’une préoccupation, réussir son intégration. Et pour s’assurer que tout se passe comme il l’entend, il tire un trait sur son passé et tourne le dos au chûnibyô. Il s’agit d’un mal qui atteint certains adolescents : leur imagination débordante les transporte dans un univers fictif. Yûta renie sans hésiter son amour pour ce monde fantastique et délaisse Dark Flame Master, le héros aux pouvoirs surnaturels qu’il y incarnait. Rikka, sa nouvelle voisine de l’appartement du dessus, se retrouve dans sa classe. Elle est totalement atteinte par ce syndrome. Alors que Yûta est exaspéré par le comportement étrange de la jeune lycéenne, celle-ci est bien décidée à l’embarquer dans ses délires… Ce film reprend l'histoire de la saison 1 mais du point de vue de Rikka. Il contient quelques scènes supplémentaires ainsi qu'une fin qui fait le lien entre les saison 1 et 2.