L’héroïne de la série est une licorne violette nommée Twilight Sparkle, qui est l’élève de la princesse Celestia, la souveraine d'Équestria. Étudiante extrêmement sérieuse, elle ne prend pas le temps de se lier d'amitié avec ses camarades. Par hasard, elle découvre qu'une terrible prédiction menace d'enfermer Équestria dans une nuit éternelle. Mais lorsqu'elle en avertit la princesse, celle-ci l'envoie dans le village de Poneyville avec la mission de se faire des amies et de vérifier la préparation de la fête du Soleil d'été prévue pour le lendemain. À contrecœur, la jeune licorne s'exécute et fait la connaissance des autres personnages principaux : Rainbow Dash, Pinkie Pie, Rarity, Fluttershy et Applejack. Cependant Twilight Sparkle avait vu juste : la prophétie semble sur le point de se réaliser et ce n'est qu'accompagnée de ses nouvelles amies qu'elle pourra sauver le royaume.

Milers et Flora, deux orphelins, sont initiés à la vie par Peter Quint, palefrenier, jardinier et homme à tout faire de la maison de leur tuteur. Quand Mrs Grose, l'intendante, décide de renvoyer Quint et la gouvernante Miss Jessel qui est également sa maîtresse, les enfants se rebellent.

Comme dans Chair de poule, Fais-moi peur ! Ou Aux portes du cauchemar, la série met en scène des enfants ou des adolescents confrontés et devant faire face à des phénomènes fantastiques et terrifiants, comme des aliens, une sorcière, des poupées ou des monstres.